Бассейновое управление рыбоохраны "Нижневолжрыбвод" было преобразовано в 1962 году из Нижневолжской государственной инспекции рыбоохраны Главгосрыбвода при Совете Министров РСФСР, входившей в состав Северо-Каспийского бассейнового управления по охране, воспроизводству рыбных запасов и регулированию рыболовства "Севкаспрыбвод" ( г. Астрахань ) во исполнении постановления Совета Министров СССР №523 от 02.06.1962 г. приказом Госкомитета по рыбному хозяйству СССР от 27.08.1962 года с дислокацией центрального аппарата в г. Волгограде.

В дальнейшем, приказом Госкомрыболовства России от 22 октября 2001 г. № 336, бассейновое управление "Нижневолжрыбвод" было преобразовано в Федеральное государственное учреждение "Нижневолжское бассейновое управление по охране, воспроизводству рыбных запасов и регулированию рыбооловства" ( ФГБУ "нижневолжрыбвод" )и утверждено положение о нём.


Образование самостоятельного бассейнового управления рыбоохраны "Нижневолжрыбвод" с районом деятельности, охватывающего водоёмы рыбохозяйственного значения Волжского бассейна в пределах Саратовской и Волгоградской областей, было обусловлено строительством Волгоградского гидроузла. 
В следствии зарегулирования р. Волги, её участок в районе г.Волгограда ( около 80 км. ) стал иметь важное рыбохозяйственное значение, так как на этом участке завершались нерестовые миграции ценных промысловых видов рыб, в том числе осетровых ( белуги, осетра, севрюги,стерляди) и белорыбицы. Кроме того, только на этом участке, в основном в правобережье, сохранились высокопродуктивные естественные нерестилища осетровых. В нижнем бъефе Волгоградской ГЭС в 60-е годы зимовало до 500 тыс. осетровых видов рыб, поднимающихся для нереста с Каспия ( озимые расы ). С целью эффективной охраны промысловых видов рыб и был создал "Нижневолжрыбвод".
В качестве компенсационных мероприятий за потерю нерестилищ осетровых видов рыб, располагавшихся выше по течению р.Волги в результате зарегулирования его строительством плотины Волгоградского гидроузла, за средства Министерства энергетики был построен и введен в эксплуатацию в 1960 году Волгоградский осетровый рыбоводный завод проектной мощностью 3 млн. шт. молодых осетровых, который в 1962 году был принят на баланс управления "Нижневолжрыбвод".